Chondroitino sulfatas (CS) yra klasifikuojamas kaip glikozaminoglikanų (GAG), taip pat žinomų kaip mukopolisacharidai, kurie yra angliavandenių šoninės grandinės, kurios yra būtini proteoglikanų komponentai, narys. Visi glikozaminoglikanai susideda iš 1,4-glikozidiškai sujungtų disacharidų vienetų. Chondroitinų atveju sieros rūgšties yra reguliariai pridedamas prie deguonis or azotas atomus, todėl jie paprastai reaguoja stipriai rūgštūs. Chondroitino sulfatus A ir C sudaro gliukurono rūgštis ir N-acetil-D-galaktozaminas. Chondroitino sulfatas B struktūra yra panaši. Jis žinomas kaip dermatano sulfatas arba beta-heparinas iš L-idurono rūgšties ir NAG-4-sulfato.
Viena vertus, chondroitino sulfatas patenka į kūną per maistą. Jo yra mėsos ir jūrų gyvūnuose, ypač midijose ir austrėse. Kita vertus, glikozaminoglikanas gali susidaryti pačiame kūne. Reikia endogeninės sintezės gliukozamino sulfatas, pageidaujamas glikozaminoglikano biosintezės substratas. Chondroitino sulfatai, kaip gyvūniniai proteoglikanai, daugiausia yra įtraukti į kremzlė audinius ir taip atstovauja pagrindiniams tarpląsteliniams komponentams jungiamasis audinys, kremzlė ir kaulas. Tačiau jų taip pat galima rasti oda ir kūno gleivės.
Techniškai chondroitino sulfatai anksčiau buvo gaunami iš ryklio kremzlė, o vėliau ir atitinkamai iš galvijų ir kiaulių tracheidų.
