Izoflavonoidų molekulinė struktūra yra panaši į steroidinį estrogeną (moteriškąjį lytinį hormoną), todėl jie taip pat vadinami fitoestrogenai. Tačiau jų hormoninis aktyvumas yra 100–1,000 kartų mažesnis, palyginti su estrogenais, susidarančiais žinduolių organizme. Dėl jų cheminio-struktūrinio panašumo į moterišką lytį hormonai, izoflavonai suvalgytas su maistu gali prisijungti prie vadinamojo 2 tipo estrogeno receptoriaus ir blokuoti endogeninį estrogeną. Atitinkamai, izoflavonai moterims po menopauzės, kurių estrogeno koncentracija yra maža, estrogenų poveikis yra didesnis, tuo tarpu priešmenopauzinių moterų izoflavonai turi antiestrogeninį poveikį blokuodami estrogeno receptorius.
