Toliau pateikiamos svarbiausios ligos ar komplikacijos, kurias gali sukelti japoniškas encefalitas:
Psichika - Nervų sistema (F00-F99; G00-G99).
- Nenustatyta ilgalaikė neurologinė ir (arba) psichiatrinė žala - daugiau nei pusėje atvejų.
Nėštumas, gimdymas ir gimdymas (O00-O99).
- Abortas (persileidimas)