Koronaviruso mutacijos

Mutacijos yra normalios

Naujų viruso variantų atsiradimas nėra nieko neįprasto: virusai, įskaitant Sars-CoV-2 patogeną, replikacijos metu pakartotinai keičia savo genetinę medžiagą atsitiktinai. Dauguma šių mutacijų yra beprasmės. Tačiau kai kurie yra naudingi virusui ir įsitvirtina.

Tokiu būdu virusai sugeba greitai prisitaikyti prie aplinkos ir savo šeimininko. Tai yra jų evoliucinės strategijos dalis.

PSO naujus variantus klasifikuoja pagal šias kategorijas:

  • Stebimi variantai (VBM) – variantai su genetiniais pokyčiais, kurie gali reikšti didesnę riziką, bet kurių poveikis vis dar neaiškus.
  • Dominantis variantas (VOI): variantai, turintys genetinių savybių, kurios numato didesnį užkrečiamumą, apeinant imunitetą ar diagnostinius tyrimus arba sunkesnę ligą, palyginti su ankstesnėmis formomis.
  • Didelės pasekmės variantas (VOHC) – Variantas su didelėmis pasekmėmis: variantas, nuo kurio dabartinės vakcinos neapsaugos. Iki šiol šioje kategorijoje nebuvo SARS-CoV-2 variantų.

Virusų variacijos sugrupuojamos į vadinamuosius kladus arba linijas – taip tyrėjai sistemingai registruoja ir dokumentuoja „koronaviruso šeimos medį“. Kiekvienas variantas apibūdinamas pagal jo paveldimas savybes ir priskiriamas raidžių ir skaičių derinys. Tačiau šis pavadinimas nenurodo, ar tam tikra viruso padermė yra pavojingesnė už kitą.

Kaip keičiasi koronavirusas?

Koronavirusas gali „sėkmingai“ vystytis dviem būdais: jis pasikeičia taip, kad galėtų geriau patekti į žmogaus ląstelę, taip tapdamas labiau užkrečiamas, arba bando „pabėgti“ iš mūsų imuninės sistemos prisitaikydamas:

Pabėgimo mutacija: tai pokyčiai, leidžiantys koronavirusui „pabėgti“ nuo imuninės sistemos. Tada virusas pakeičia savo išorinę formą taip, kad pradinės infekcijos ar vakcinacijos antikūnai (jau susiformavę) dabar mažiau gali jį „atpažinti“ ir neutralizuoti. Tai taip pat vadinama „pabėgimo mutacijomis“ arba „imuniniu pabėgimu“. Taigi antrosios infekcijos gali tapti labiau tikėtinos.

Kaip vystosi viruso variantai?

Kuo ilgiau trunka pandemija, tuo daugiau infekcijų, tuo daugiau koronaviruso variacijų ir mutacijų.

Koronos pandemija tęsiasi jau gerus dvejus metus: 05 m. sausio 2022 d. Johnso Hopkinso koronaviruso išteklių centras (CRC) dabar praneša apie 296 milijonus užsikrėtimo atvejų visame pasaulyje.

Pakankama galimybė koronavirusui sukaupti daugybę genetinės medžiagos pokyčių (variacijų).

Šis didžiulis atvejų skaičius – ir su tuo susiję genetiniai Sars-CoV-2 pokyčiai – atsispindi dabar plačiai paplitusiame daugybės naujų viruso variantų:

Delta: B.1.617.2 linija

Pastaraisiais mėnesiais (1.617.2 m. rudenį) Vokietijoje taip pat sparčiai išplito Sars-CoV-2 delta variantas (B.2021). Pirmą kartą jis buvo atrastas Indijoje ir yra padalintas į tris subvariantus, kuriuose derinami keli būdingi pokyčiai.

Viena vertus, tai yra baltymų, laikomų žmogaus ląstelės „raktu“, pokyčiai. Kita vertus, B.1.617 taip pat turi pakitimų, kurie aptariami kaip (galima) pabėgimo mutacija.

Tiksliau, B.1.617, be kita ko, sujungia šias atitinkamas mutacijas:

Mutacija D614G: ji gali padaryti koronavirusą labiau užkrečiamą. Pradinis modeliavimas rodo, kad dėl to B.1.617 yra taip pat lengvai perduodamas kaip labai užkrečiamas alfa variantas (B.1.1.7).

Mutacija P681R: mokslininkai taip pat siejo su galbūt padidėjusiu virulentiškumu.

Mutacija E484K: taip pat rasta beta variante (B.1.351) ir gama variante (P.1). Įtariama, kad dėl to virusas bus mažiau jautrus jau susidariusiems neutralizuojantiems antikūnams.

Mutacija L452R: ji taip pat aptariama kaip galima pabėgimo mutacija. Koronaviruso padermės su L452R mutacija laboratorinių eksperimentų metu buvo iš dalies atsparios tam tikriems antikūnams.

Atrodo, kad iki šiol Europoje vyraujantį delta variantą dideliais žingsniais išstumia labai užkrečiamas omikroninis variantas.

Omikron: B.1.1.529 linija

Omikron variantas yra naujausia koronaviruso mutacija, pirmą kartą aptikta Botsvanoje 2021 m. lapkritį. Dabar Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) ją oficialiai priskyrė naujam susirūpinimą keliančiu variantu.

Eris: EG.5 linija

Koronaviruso EG.5 variantas yra iš Omikron giminės. Pirmą kartą jis buvo aptiktas 2023 metų vasarį. Nuo tada jis plinta įvairiose pasaulio šalyse ir daug kur dominuoja užkrėtimo vietoje. Jis taip pat vadinamas Eris, graikų nesantaikos ir nesantaikos deivės vardu.

EG.5 kilęs iš omikroninių variantų XBB.1.9.2. ir XBB.1.5, bet taip pat turi naują smaigalio baltymo (F456L) mutaciją. EG.5.1 sublinija taip pat turi dar vieną Q52H mutaciją.

Ar EG.5 pavojingesnis už ankstesnius variantus?

Atsiradus EG.5, vėl daugėja koronarinės infekcijos atvejų, o kartu ir hospitalizacijų. Pasak PSO, iki šiol nebuvo pranešta apie ligos sunkumo pokyčius. Todėl PSO klasifikavo EG.5 kaip dominantį variantą (VOI), bet ne kaip susirūpinimą keliantį variantą (LOJ).

Suderintos revakcinacijos, skirtos rudeniui, nėra tiksliai skirtos EG.5, o glaudžiai susijusiai virusų linijai (XBB.1.5). Ankstyvieji klinikiniai tyrimai rodo, kad revakcinacija taip pat veiksminga prieš EG.5.

Pirola: BA.2.86 linija

BA.2.86 viruso variantas taip pat yra omikrono darinys. Jis skiriasi nuo savo numanomo pirmtako varianto BA.2 34 naujomis smailės baltymo mutacijomis, todėl jis panašiai skiriasi nuo ankstesnių formų, kaip neseniai buvo Omicron.

Kaip dažnai yra BA.2.86?

Kol kas variantas rastas tik keliems žmonėms. Tačiau dabar apskritai atliekama nedaug bandymų. Visų pirma, sudėtingi testai, nustatantys konkretų viruso variantą, yra reti. Tai, kad žinomi atvejai kilę iš trijų žemynų (Šiaurės Amerikos, Azijos ir Europos) ir nėra tiesiogiai susiję, rodo, kad Pirola jau išplito nepastebimai.

Ar BA.2.86 pavojingesnis už ankstesnius variantus?

Ar pritaikytos vakcinos yra veiksmingos prieš BA.2.86?

Nuo rugsėjo mėnesio siūlomos vakcinos yra optimizuotos XBB.1.5 variantui. Jo spygliuočių baltymas skiriasi nuo Pirola 36 skyriais. Todėl tikėtina, kad sumažės apsauga nuo infekcijos. Tačiau ekspertai mano, kad apsauga nuo sunkių kursų vis dar išlieka.

Kiti žinomi viruso variantai

Taip pat buvo sukurti papildomi Sars-CoV-2 viruso variantai, kurie skiriasi nuo laukinio tipo, tačiau ekspertai šiuo metu jų nepriskiria LOJ. Šios viruso padermės vadinamos „dominančiais variantais“ (VOI).

Dar neaišku, kokį poveikį šie atsirandantys VOI gali turėti pandemijai. Jei jie patvirtintų jau cirkuliuojančias viruso padermes ir nugalės prieš juos, jie taip pat gali būti patobulinti iki atitinkamų LOJ.

Ypač dominantys variantai

  • BA.4: Omicron potipis, pirmą kartą aptiktas Pietų Afrikoje.
  • BA.5: Omicron potipis, pirmą kartą aptiktas Pietų Afrikoje.

Stebimi variantai

Didesnis dėmesys skiriamas vadinamiesiems „stebimo variantams“ (VUM), tačiau patikimų, sistemingų duomenų apie juos vis dar trūksta. Daugeliu atvejų yra tik jų egzistavimo įrodymai. Jie apima sporadiškai pasitaikančius variantus, taip pat „modifikuotus“ jau žinomų mutacijų palikuonis.

ECDC duomenimis, šie reti VUM šiuo metu apima:

  • XD – variantas pirmą kartą aptiktas Prancūzijoje.
  • BA.3 – Omikron varianto potipis, pirmą kartą aptiktas Pietų Afrikoje.
  • BA.2 + L245X – neaiškios kilmės omikroninio varianto potipis.

Sumažinti viruso variantai

Kaip dinamiškai vystosi infekcijos įvykiai vykstančios Koronos pandemijos metu, taip pat mokslinis supratimas ir virusų variantų, paplitusių įvairiais pandemijos etapais, vertinimas.

Alfa: B.1.1.7 linija

Anot pareigūnų, Europoje beveik nebeplinta koronaviruso variantas Alfa (B.1.1.7). Alfa pirmą kartą buvo aptikta Jungtinėje Karalystėje ir, pradedant pietryčių Anglija, nuo 2020 m. rudens vis labiau plinta visame Europos žemyne.

B 1.1.7 linija turėjo stebėtinai daug genų pakitimų su 17 mutacijų. Kelios iš šių mutacijų paveikė smaigalio baltymą, įskaitant N501Y mutaciją.

Manoma, kad B.1.1.7 buvo maždaug 35 procentais labiau užkrečiamas nei laukinio tipo Sars-CoV-2, o stebimas mirtingumas nuo infekcijos (be išankstinės vakcinacijos) taip pat padidėjo. Tačiau turimos vakcinos suteikė tvirtą apsaugą.

Alfa smarkiai mažėja susitarus su oficialiomis agentūromis (ECDC, CDC ir PSO).

Beta: B.1.351 linija

Mutantas greičiausiai išsivystė dėl didelio Pietų Afrikos gyventojų užkrėtimo virusu. 2020 m. vasaros mėnesiais Pietų Afrikoje jau buvo užfiksuoti didelio masto koronaviruso protrūkiai. Visų pirma miesteliuose virusas tikriausiai rado idealias sąlygas plisti staigiai.

Tai reiškia, kad labai daug žmonių jau buvo apsaugoti nuo pradinės Sars-CoV-2 formos – virusas turėjo pasikeisti. Tyrėjai tokią situaciją vadina evoliuciniu spaudimu. Dėl to vyravo naujas viruso variantas, kuris buvo pranašesnis už pradinę formą, nes, be kita ko, yra labiau užkrečiamas.

Pirminiai duomenys rodo, kad Comirnaty vakcina taip pat turi didelį veiksmingumą prieš B.1351 liniją. Kita vertus, pagal išankstinį autorių Madhi ir kt. pareiškimą, VaxZevria gali būti sumažintas veiksmingumas.

Beta versijos susitarimai su oficialiomis agentūromis (ECDC, CDC ir PSO) smarkiai mažėja.

Gama: P.1 linija

Kitas LOJ, vadinamas P.1, anksčiau žinomas kaip B.1.1.28.1, dabar vadinamas Gamma, pirmą kartą buvo aptiktas Brazilijoje 2020 m. gruodžio mėn. P.1 genome taip pat yra svarbi N501Y mutacija. Taigi P.1 viruso padermė laikoma labai užkrečiama.

Gama iš pradžių išsivystė ir išplito Amazonės regione. Varianto plitimas sutampa su su Covid-19 susijusių hospitalizacijų padidėjimu šiame regione 2020 m. gruodžio viduryje.

Gama smarkiai mažėja, pritarus ECDC, CDC ir PSO ekspertams.

Kiti deeskaluoti variantai

Nors dabar tapo žinoma daug naujų virusų variantų, tai automatiškai nereiškė didesnės grėsmės. Tokių variantų įtaka (pasauliniam) infekcijų dažniui buvo nedidelė arba jie buvo slopinami. Jie apima:

  • Epsilonas: B.1.427 ir B.1.429 – pirmą kartą aptiktas Kalifornijoje.
  • Eta: aptikta daugelyje šalių (B.1.525).
  • Teta: anksčiau žymėtas P.3, dabar sumažintas, pirmą kartą aptiktas Filipinuose.
  • Kapa: pirmą kartą aptikta Indijoje (B.1.617.1).
  • Lambda: pirmą kartą aptikta Peru 2020 m. gruodžio mėn. (C.37).
  • Mu: pirmą kartą aptiktas Kolumbijoje 2021 m. sausio mėn. (B.1.621).
  • Iota: pirmą kartą aptikta JAV Niujorko metropolinėje zonoje (B.1.526).
  • Zeta: anksčiau pažymėtas P.2, dabar sumažintas, pirmą kartą aptiktas Brazilijoje.

Kaip greitai Sars-CoV-2 mutuoja?

Ateityje Sars-CoV-2 per mutacijas ir toliau prisitaikys prie žmogaus imuninės sistemos ir (iš dalies) vakcinuotos populiacijos. Kaip greitai tai atsitiks, labai priklauso nuo aktyviai užsikrėtusių gyventojų skaičiaus.

Kuo daugiau užsikrėtimo atvejų – regioniniu, nacionaliniu ir tarptautiniu mastu – tuo daugiau koronaviruso dauginasi ir dažniau atsiranda mutacijų.

Tačiau, palyginti su kitais virusais, koronavirusas mutuoja gana lėtai. Kai bendras Sars-CoV-2 genomo ilgis yra apie 30,000 XNUMX bazinių porų, ekspertai mano, kad per mėnesį įvyksta viena ar dvi mutacijos. Palyginimui, gripo virusai (gripas) mutuoja du ar keturis kartus dažniau per tą patį laikotarpį.

Kaip apsisaugoti nuo koronaviruso mutacijų?

Negalite specialiai apsisaugoti nuo atskirų koronaviruso mutacijų – vienintelė galimybė – neužsikrėsti.

Kaip nustatomos koronaviruso mutacijos?

Vokietija turi glaudų ataskaitų teikimo sistemą, skirtą cirkuliuojantiems Sars-CoV-2 virusams stebėti – ji vadinama „integruota molekuline stebėjimo sistema“. Šiuo tikslu atitinkamos sveikatos priežiūros institucijos, Roberto Kocho institutas (RKI) ir specializuotos diagnostikos laboratorijos glaudžiai bendradarbiauja.

Kaip ataskaitų teikimo sistema veikia įtariamų mutacijų atveju?

Visų pirma, apie kiekvieną profesionaliai atliktą teigiamą koronaviruso testą privaloma pranešti atitinkamam visuomenės sveikatos skyriui. Tai apima koronaviruso tyrimus, atliekamus tyrimų centre, gydytojo kabinete, vaistinėje ar net vyriausybinėse įstaigose, pavyzdžiui, mokyklose. Tačiau privatūs savęs patikrinimai neįtraukiami.

Norėdami gauti daugiau informacijos apie greituosius koronaviruso testus, skirtus savitikrai, žr. specialią mūsų koronaviruso savitikros temą.

Tada RKI palygina pateiktus duomenis ir sekos analizės rezultatus pseudonimizuota forma. Pseudonimas reiškia, kad negalima daryti išvadų apie atskirą asmenį. Tačiau ši informacija sudaro duomenų bazę mokslininkams ir sveikatos priežiūros sistemos veikėjams, kad jie galėtų gauti tikslią esamos pandemijos situacijos apžvalgą. Tai leidžia geriausiai įvertinti situaciją, kad būtų galima nustatyti politikos priemones (jei reikia).

Kas yra sekos nustatymo genomo analizė?

Sekvenavimo genomo analizė yra išsami genetinė analizė. Jis tiria tikslią atskirų RNR statybinių blokų seką viruso genome. Tai reiškia, kad Sars-CoV-2 genomas, kurį sudaro apie 30,000 XNUMX bazinių porų, yra dekoduojamas ir gali būti lyginamas su laukinio tipo koronavirusu.

Tik tokiu būdu atskiros mutacijos gali būti identifikuojamos molekuliniu lygmeniu – ir galima priskirti „koronaviruso šeimos medį“.

Tai taip pat aiškiai parodo, kad ne kiekviena pasaulio šalis gali tiksliai sekti konkrečių koronaviruso atmainų plitimą. Todėl tikėtina, kad turimi ataskaitų duomenys bus neapibrėžti.